MIQE----Real-time qPCR实验文章发表所需最小信息
说了这么多关于Real-time PCR实验的问题，今天来说说qPCR实验在文章中应该怎么写，具体要在文章中体现哪些信息才不会被审稿人和编辑挑毛病！！
在2009年，Bustin发表了一篇名为“The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments”的文章，其为MIBBI (Minimum Information for Biological and Biomedical Investigations) 项目的一部分，旨在为作者、审稿人和编辑说明需要在报道qPCR实验时所需提供的最低信息标准，以保证实验的正确性、准确性和可重复性。
根据这篇文章的内容，该项目组提供了一个检查清单，以帮助作者写作使用qPCR实验的文章。
在清单中，标注为E的条目为必要信息，在文章写作过程中必须提供，标注为D的条目为可选信息，在文章提交时，可以提供也可以不提供。
清单的具体内容如下：
实验设计
必要信息：
实验组和对照组的定义
每一组中的样品数目
可选信息：
实验是由作者所在的实验室完成还是委托其它实验室完成？
对作者贡献的感谢
样品信息
必要信息：
样品如何采集
样品如何以及在多长时间内被冷冻
样品如何以及在多长时间内固定化
样品的保存条件和保存时间
可选信息：
样品的体积或重量
核酸提取
必要信息：
核酸提取所用试剂盒及一切操作改动
DNase或RNase处理详细过程
DNA或RNA污染评估过程
核酸定量所用的仪器和方法
RNA完整性检测方法
提取RNA的RIN或RQI值
PCR抑制测试
可选信息：
核酸提取中所用额外试剂的来源
提取核酸的纯度和浓度
琼脂糖凝胶电泳检测结果
反转录
必要信息：
完整的反转录反应条件
RNA用量和反应体系体积
所用引物和浓度
所用反转录酶及其浓度
反应的温度和时间
可选条件：
试剂的生产厂商和货号
cDNA保存条件
反转录前后样品Ct值比较
qPCR靶标信息
必要信息：
是否为多重检测
每一个靶标基因的扩增效率和检测限
靶标基因的序列识别号
扩增子的长度
扩增子的生物信息学特异性扫描 (BLAST)
引物在外显子或内含子上的位置
测定靶标含有哪些可变剪切
可选择信息：
qPCR扩增的位置
扩增位置是否含有假基因、反转录假基因或其它同源
扩增子与靶基因的序列比对结果
扩增子的二级结构分析结果
qPCR引物
必要信息：
引物序列
在参考引物序列上所做的一切修改
可选择信息：
引物在RTPrimerDB上的识别号
探针序列
引物的生产商
引物的纯化方法
qPCR实验方案
必要信息：
完整的反应条件
反应体系的体积以及模板的添加量
引物、探针、Mg离子和dNTP的浓度
所用的聚合酶及其浓度
所使用的缓冲液或试剂盒的名称和生产厂商
反应体系中的其它添加试剂
完整的温度循环参数
qPCR仪器的生产商
可选择信息：
反应buffer中的化学成分
承装反应体系的管的货号和生产商
实验设定方法 (手动/自动)
qPCR的验证
必要信息：
qPCR实验的特异性 (凝胶电泳、序列比对、熔解曲线等)
阴性对照的Ct值
标准曲线的斜率和y轴截距
标准曲线的扩增效率
标准曲线的r2值
标准曲线的定量范围
在检测限附近Ct值的变化
qPCR的检测限
可选择信息：
qPCR反应最适化的证据
标准曲线扩增效率和标准差的置信区间
检测范围的置信区间
数据分析
必要信息：
qPCR的分析程序来源和版本
Ct值的确定方法
离群结果的鉴定和处理
阴性对照的结果
内参基因的数目和选择
标准化方法的描述
每一步技术重复的数目
实验的可重复性
结果分析的统计学方法
数据分析所用软件的来源和版本
可选择信息：
生物学重复的数目
实验的再现性
能效分析
Ct值或原始数据上传RDML
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